| Titre : | Bioinformatics Characterization Porphyrin Protein Research on based Prophyrin Proteins Binding of Structural Motifs Binding Structural Motifs and Construction of a relevant Database: URL : https://bioinformatics.univ-saida.dz/prjs/ppbsmtfs/ Unravelling some Essentials of Protein Structure-Function Relationships |
| Auteurs : | Abdelkrim Rachedi, Directeur de thèse ; Megherbi Mohamed El Mehdi, Auteur ; Bitar Mohamed, Auteur présumé |
| Type de document : | texte imprimé |
| Langues: | Français |
| Mots-clés: | protéines porphyrines, ligands porphyrines, hème, chlorophylle, B12, bioinformatique structurale, motifs structuraux et fonctionnels, environnement de liaison avec les ligands, acides aminés, résidus, bases de données. |
| Résumé : |
Ce projet vise à explorer davantage les bases de la relation structure-fonction dans le contexte
biologique des macromolécules, en particulier les protéines dans le cadre de cette étude. De plus, l'étude attire l'attention sur des résultats qui toucheraient aux relations évolutives éloignées entre les espèces. La compréhension de la relation structure-fonction est importante pour des études approfondies sur le sujet de la fonction biologique des protéines et des macromolécules en général, tant dans les situations de santé que de maladie. Une façon d'entreprendre ce type d'étude consiste à analyser les structures protéiques impliquées dans des fonctions biologiques sélectionnées et à examiner leurs environnements de liaison avec les ligands. Dans ce projet, un ensemble de structures 3D de protéines porphyrines représentant 51 chaînes complètes issues de 21 entrées de la Protein Data Bank (PDB) provenant de différentes sources d'organismes ou d'espèces a été étudié en termes d'environnement des sites de liaison et du nombre de groupes porphyrine. Ainsi, l'étude a mis en œuvre des outils de bioinformatique structurale développés au Département de biologie de l'Université de Saida. L'étude a permis d'identifier et de construire un ensemble de 43 motifs structuraux et fonctionnels de liaison uniques qui ont été caractérisés et analysés pour leur contenu en résidus et leurs propriétés de site de liaison. Ces motifs sont associés à un certain nombre de fonctions biologiques essentielles, notamment le transport de l'oxygène, le stockage, la capture de la lumière et la production d'énergie, et d'autres encore. Les données et les analyses relatives à ce projet ont été stockées dans une base de données de type Flat-File appelée Porphyrin Proteins Binding Structural Motifs - PPBSMs. La base de données PPBSMs a été rendue disponible en ligne pour la communauté mondiale de scientifiques et de chercheurs via le serveur Web de l'Université de Saida à l'adresse suivante |
Exemplaires
| Code-barres | Cote | Support | Localisation | Section | Disponibilité |
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| aucun exemplaire |
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