Antibiotic resistance and Antibacterial activity o... Catalogue en ligne

Titre :

Antibiotic resistance and Antibacterial activity of Sausurea lappa, Ajuga iva and Rosmarinus officinalis extracts. Plus an expanding on Bioinformatics Data Integration & Annotattion

Auteurs :

Imane HADJADJ, Auteur ; Abdelkrim Rachedi, Directeur de thèse ; Mokhtar Benreguieg, Directeur de thèse

Type de document :

texte imprimé

Editeur :

Dr. Moulay Tahar Université Saida, Faculté des Sciences Naturelles et de la Vie, 2019-2020

Format :

101 P / 29 CM

Accompagnement :

Langues:

Français

Langues originales:

Français

Catégories :

SNVTM

Mots-clés:

Résistance aux antibiotiques ; Plantes médicinales ; Phytochimiques ; Activités antibactériennes ; Métabolites secondaires ; Antibiotiques

Résumé :

L'émergence et la propagation de la résistance aux antibiotiques, ainsi que l'évolution de
nouvelles souches d'agents pathogènes, sont une préoccupation majeure pour la communauté
sanitaire mondiale. Le traitement efficace d'une maladie implique le développement de nouveaux
produits pharmaceutiques ou d'une source potentielle de nouveaux médicaments. Les plantes
médicinales couramment utilisées dans notre communauté pourraient être une excellente source de
médicaments pour lutter contre ce problème.
Il convient de noter que ce travail s'inscrit dans le cadre d'un projet plus vaste, lancé l'année
dernière, qui étudie le problème de la résistance aux antibiotiques observée dans un certain nombre
de bactéries dangereuses isolées de l'environnement local. Alors que le projet étudie la résistance aux
antibiotiques des bactéries étudiées contre les antibiotiques couramment prescrits, le projet recherche
également des composés antibactériens d'origine végétale qui représenteraient de puissants
antibiotiques alternatifs contre les maladies actuellement difficiles. Ce projet a un côté
bioinformatique qui travaillerait sur l'annotation et la base de données stockant les différents types
de données utilisées et les résultats générés et les fournirait à la communauté scientifique du monde
entier.
Trois plantes médicinales ont été sélectionnées sur la base de rapports médicinaux appartenant
à deux familles sous forme de feuilles de rosmarinus officinalis (Lamiaceae), de racines de saussurea
lappa (Asteracea) et de la partie aérienne d'ajuga iva (Lamiaceae). Le criblage phytochimique
préliminaire des extraits bruts a révélé la présence d'alcaloïdes, de tanins, de flavonoïdes et de
quinones et d'huiles essentielles dans la saussurea lappa. Plusieurs polyphénols (tanins et
anthocyanes) et flavonoïdes dans la partie aérienne d'ajuga iva ont été détectés. Rosmarinus
officinalis, contient des tanins, des flavonoïdes, des quinones et des huiles essentielles. À partir des
résultats obtenus, nous avons pu nous faire une idée générale de la composition chimique des trois
plantes étudiées. En effet, nous pouvons conclure que Saussurea lappa est plus riche en métabolites
secondaires, et nous avons constaté que le romarin est plus productif que les autres plantes dans tous
les processus d'extraction.
Malheureusement, les problèmes de pandémie de COVID-19 ont eu des conséquences
néfastes sur de nombreuses facettes de ce projet, cependant, les données et les résultats de ce projet
seraient valorisés et les parties utiles de seraient annotées dans la base de données en ligne dabatase
BARID (Bacterial Antibiotic Resistance Investigation Database ) et être mis à disposition pour
interrogation
par
la
communauté
scientifique
via
l'adresse
Web:
http://www.bioinformaticstools.org/prjs/barid/

Note de contenu :

Summary in English…………………………………………………………………………I
Summary in French (Résumé)…………………………………………………………….. II
Summary in Arabic ( ‫ملخص‬ )……………………………………………………………….III
List of figures........................................................................................................................IV
List of tables………………………………………………………………………………...V
Abbreviations……………………………………………………………………………...VI
Introduction……………………………………………………………………...…….......XI
Chapter I: Literature review
Resistance to antibacterial drugs
Section

Antibiotics…………………………………………………...…… 1
1.
A breif historical perspective ………………………………………...….. 1
2. Mechanisms of action.………………………………………………….... 3
II.
Antibiotic resistance …………………………...…………...……5

Section

Type of antibiotic resisteance …………………………………...….……5
Mechanismes of antibiotic resistance …………………………….…...…7
Mechanisms of antibiotic resistance gene acquisition ………….…...…. 13
Resistance to antibacterial drugs of international concern
15
III.
Resistance to antibacterial drugs of international concern…...16
1. The top pathogenic bacteria resistant to antibiotics……..….... 18
1.1. MDR and EXD Mycobacterium tuberculosis……………………….18
a. Bacteriological study………………………………………………18
b. Pathogenicity and virulence factor………………………………...19
c.Type of resistance…………………………………………………..19
1.2. Acinetobacter baumannii ………………………………………….…19
1.3. Pseudomonas aeruginosa ...……………………………….………….21
1.4. Enterobacteriaceae resistant…………………………………………..23
1.4.1 Escherichia coli…………………………………...……………23
1.4.2 Klebsiella pneumoniae…………………………………………24
1.5. Clostridioides difficile………………………………………………...25
1.6. Methicillin-resistant S. aureus………………………………………...27
1.7. Resistant Enterococci…………………………………………………28
1.8. Drug-resistant Streptococcus …………………………………………30
VIIIMedicinal plants use in this study
Section

Saussurea lappa …………………………………………………….…. 35
1.1 Geographical distribution ……………………………....……….…... ……35
1.2 Taxonomic classification ……………………………………...….…...…. 35
1.3 Morphological Description…………………………………………... …...36
1.4 Phytochemicals………………………………………...…………………. 36
1.5 Uses…………………………………………………..……………...…… 37
1.6 Antibacterial Property…………………………………….……..……….. 38
2. Ajuga iva ………………………………………….…………….. 40
2.1 Geographical distribution ………………………...……..……....……….. 40
2.1 Taxonomic classification …………………………...………..………...… 40
2.3 Morphological Description…………………………..…………..……….. 40
2.4 Phytochemicals………………………………………...……….……..….. 41
2.5 Uses…………………………………………………..………….………... 41
2.6 Antibacterial Property…………………………………………………….. 42
3. Rosmarinus officinalis……….………………………………………. 43
3.1 Geographical distribution ………..…………………...………....……….. 43
3.1 Taxonomic classification ……………..………………...……………...… 43
3.3 Morphological Description………………..……………..……………….. 43
3.4 Phytochemicals………………………………..…………...……….…….. 44
3.5 Uses………………………………………………..……..………….……. 45
3.6 Antibacterial Property ………………………………..……………………46
Bioinformatics & Biological Database
Section

Database ….………………………………….……………......… 47

Introduction to Database …..………………………………….………...…. 47
Bioinformatics Tools.………………………………………………….…... 48
2.1 Biological Databases …………………………………………….…… 48
2.2 Type of biological databases …………………………………….…… 49
2.3 Databases Used in Bioinformatics ……………………………….……50
PHP & MySQL ………………………………………………….…………52
3.1 MySQL……………………………………………………….………..52
3.2 PHP (Hypertext Preprocessor) ………………………………..……….53
3.3 HTML (HyperText Markup Language) ………………………..……...53
Importance of Databases ……………………………………………..…….54
IXChapter II: Material & Methods
Material & Methods
Section

Material…………………………….……..………………….. 55
I.
Plant Material:.……………………………………..………………….….... 55
Bacterial Material ……………………………………………………….…..56
Antibiotics products …………………………………………………….…..56

Methods ………………………………………...……………..57
II.
Extraction methods:.…………...……………………………………….…... 57
The extraction yield ……………..…………………………………………..58
Phytochemical screening ……………………………………………………60
Purification and isolation of bacterial strains ……………………………….60
4.1. Isolation of clostridium from municipal sewage water sample…………62
4.2. Confirmation of bacterial ……………………………………………….64
Antibiotic sensitivity test method (The Kirby-Bauer disc diffusion)………..70
5.1. Procedure for Modified Kirby Bauer method …………………………..71
5.2. Preparation of solutions…………………………………………………72
5.3. Screening of Antimicrobial activity …………………………………….73
5.4. Minimum Inhibitory Concentration assay ……………………………....74

III.
B ioinformatics tools and Methods……...……………………...…75
Chapter III : Results
Results and Discussion
Section

III.
Results ..…………………….……………...………………….. 76

IV.
Extraction yield ………………………………………..…………….…. 76
Phytochemicals screening………………………………..………….…...76
Purification and isolation of bacterial strains ………………..……….….79
Discussion ……………………………………………………...81
Conclusion ……………………………………………………..84
References & Annex