| Titre : | Caractérisation génomique et physiologique d'Enterococcus faecium B319 multirésistant isolé des fèces de rat (wistar) |
| Auteurs : | ARAB Abdelkrim, Auteur ; BENABBOU Taha Ahmed, Directeur de thèse |
| Type de document : | texte imprimé |
| Editeur : | Dr. Moulay Tahar Université Saida, Faculté des Sciences Naturelles et de la Vie, 2021/2022 |
| Format : | 83 p / 29 CM |
| Accompagnement : | CD |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Catégories : | |
| Mots-clés: | E. faecium ; VRE ; génome ; multirésistance ; transfert ; horizontal |
| Résumé : |
L'objectif principal de ce travail est d'étudier
la souche multi- résistante E. faecium B319, les premiers tests ont montré que la souche est dotée d'une résistance : à une forte concentration de sel jusqu'à 6,5% en NaCl, à des températures pouvant aller jusqu'à 45°C voire 63°C et d'autres caractéristiques physiologiques qui ont confirmé son appartenance au genre Enterococcus. Le profil de résistance de cette souche était établi vis-à- vis 14 antibiotiques, les résultats ont montré l’existence d’une forte résistance envers la plupart des antibiotiques, en revanche la grande sensibilité était exprimée envers le chloramphénicol. Après traitement des séquences brutes suivi de leur assemblage, le génome de la souche représentait une longueur de 2,5 Mb avec 2461 CDS, 43 ARNt et 3 ARNr. La recherche de gènes de résistance et de virulence a permis d'identifier 11 gènes de résistance aux antibiotiques (aac(6')-Ii, eat(A), tet(M), msr(C), vanZ-A, vanY-A, vanX-A, vanA, vanH-A, vanS-A, et vanR-A) et un gène de virulence (acm). L'analyse génomique a également Enterococcus et 1 identifié élément 2 génétique recherche de mutations génétiquesa mutations ponctuelles identifiéesdans prophages tempérés de Listeria et mobile transposable et conjugatif. La fait apparaître un ensemble de 13 le gène pbp 5 conférant une résistance à l'ampicilline. Nos résultats suggèrent que les VRE peuvent agir comme un réservoir de gènes transmissibles à d'autres bactéries pathogènes dans la mesure où ils peuvent se propager très facilement d'un patient à l'autre dans un environnement hospitalier. |
| Note de contenu : |
Généralités sur les Entérocoques .........................................................................5
Enterococcus faecium ...................................................................................6 Pouvoir Pathogène .................................................................................7 Effet probiotique ...........................................................................................9 Probiotique contiennent des Enterococcus faecium.......................10 Les antibiotiques ................................................................................................11 Historique (Découverte) ..............................................................................11 Définition .....................................................................................................12 Classification des antibiotiques ................................................................. 13 Selon l’origine ....................................................................................... 13 Selon la structure chimique ................................................................ 13 Selon le spectre d’activité ................................................................... 13 Selon le mode d’action.........................................................................14 Principales familles d’antibiotiques ............................................................15 La résistance aux antibiotiques ..................................................................15 Types de résistances ...........................................................................................16 Résistance naturelle .....................................................................................16 Résistance acquise .......................................................................................20 Mécanisme de résistance.............................................................................20 Mécanisme génétique ...........................................................................20 La résistance chromosomique .......................................................20 La résistance extra chromosomique (plasmides) ..........................20 Mécanisme biochimique .......................................................................21 Modification de la cible d'ATB ....................................................21 Inactivation enzymatique de l’ATB ........................................22 Diminution de la perméabilité ..................................................... 23 Excrétion de l’ATB par mécanisme d’efflux ...............................24 Profile de résistance ....................................................................................25 ixTable des matières La multirésistance .......................................................................................25 Facteurs de virulence et Gènes de Résistance ..................................................25 Définition des facteurs de la virulence.......................................................25 Facteur de virulence d'Enterococcus faecium ......................................26 Gène de résistance..............................................................................................28 La phénotypiques et génotypiques des opérons chez les E. faecium ..............29 Étude expérimentale ...........................................................................................32 Matériel ........................................................................................................32 Verreries ..............................................................................................32 Liquide et Produit ........................................................................32 Instruments ..................................................................................32 Milieu de culture .................................................................................32 Matériel biologique .....................................................................................32 Revivification de la souche B319 ....................................................................32 Purification ..........................................................................................33 Observation macroscopique ..........................................................33 Observation microscopique ..........................................................33 Conservation à court duré ............................................................34 Étude biochimique et Physiologique ..........................................................34 Recherche oxydase ..............................................................................34 Recherche de catalase .........................................................................34 Teste de croissance à différente températures ..............................35 Teste de croissance au milieu hyperalcalin .......................................35 Type de fermentation ...................................................................35 Teste du lait de Shermen ....................................................................36 Teste de thermorésistante.............................................................36 Croissance en présence de diverses concentrations de NaCl ...........36 Détermination du profil de résistance ................................................37 Technique de l'antibiogramme .....................................................37 xTable des matières Évaluation de la qualité des données bruites ................................ 38 Élimination des séquences contaminantes ........................................ 38 Élimination des parties de reads de mauvaise qualité ..................... 38 Assemblage ................................................................................................... 39 Annotation du génome et génomique fonctionnelle ................................. 39 Annotation spécialisée ................................................................................ 40 Cartes circulaires du génome ..................................................................... 40 Revivification et vérification de la pureté de la souche B319 ........................ 42 Antibiogramme ................................................................................................. 45 Analyses bioinformatiques des données de séquençage .................................. 46 Évaluation de la qualité des données brutes......................................... 47 Nettoyage des données bruites ................................................................. 48 Résultats de l’assemblage de novo du génome ........................................ 49 Annotation du génome et génomique fonctionnelle ................................. 51 Annotation spécialisée ................................................................................ 52 Gènes et mécanismes de résistance aux antibiotiques ................... 52 Résistance aux macrolides, lincosamide, streptogramine (MLS) et quinolone............................................................................. 54 Résistance aux aminoglycosides ................................................. 54 Résistance aux tétracyclines................................................... 55 Résistance aux glycopeptides ...................................................... 55 Résistance aux Pleuromutilines et macrolides ........................ 56 Mutations ponctuelles ................................................................. 56 Annotation des facteurs de virulences .............................................. 58 Annotation des prophages ............................................................ 59 Annotation des éléments génétiques mobiles ................................... 61 |
Exemplaires
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