| Titre : | Isolement des Myxobactéries pour la recherche de métabolites antimicrobiens |
| Auteurs : | Mohamed Mahmoud Mohamed Abdellahi ELghady Amar, Auteur ; Nasrallah Hadjar, Auteur ; Mokhtar Benreguieg, Directeur de thèse |
| Type de document : | texte imprimé |
| Editeur : | Dr. Moulay Tahar Université Saida, Faculté des Sciences Naturelles et de la Vie, 2024/2025 |
| Format : | 81 P / 29 CM |
| Accompagnement : | CD |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Catégories : | |
| Mots-clés: | Myxobactéries ; Isolement ; Purification bactérienne ; Traitement thermique ; Métabolites secondaires |
| Résumé : |
(Isolement des myxobactéries pour la recherche de métabolites antimicrobiens)
Les myxobactéries sont des bactéries du sol reconnues comme une source prometteuse de métabolites secondaires bioactifs, souvent caractérisés par des mécanismes d’action originaux et rares. Dans ce travail, nous avons entrepris l’isolement et la sélection de souches indigènes de myxobactéries issues de divers biotopes naturels en Algérie, afin d’évaluer leur potentiel de production de substances antimicrobiennes et d’étudier leurs propriétés antagonistes. À partir de cinq échantillons de sol collectés dans des environnements variés (sédiments marins, zones arides et semi-arides), un total de 63 isolats de myxobactéries a été obtenu. Ces isolats ont été cultivés dans des conditions optimisées sur milieux liquides, puis soumis à une extraction par l’acétate d’éthyle. Les extraits bruts ont été testés par la technique des cylindres d’agar contre un panel de micro-organismes comprenant des bactéries Gram positif, Gram négatif, des levures et des champignons filamenteux. Parmi les isolats testés, M-SMO-NH14 a montré la plus large activité antifongique, tandis que M-AT-BT05 a révélé une activité positive contre l’ensemble des champignons et des bactéries pathogènes testées. L’isolat M-ZS-MB08 a présenté la zone d’inhibition la plus élevée contre Staphylococcus aureus ATCC 6538, mettant en évidence que certains isolats présentent une activité antimicrobienne supérieure à celle des antibiotiques standards utilisés comme témoins. Ces résultats confirment le potentiel des myxobactéries indigènes comme source de nouvelles molécules bioactives et ouvrent la voie à l’exploration de la biodiversité microbienne algérienne pour la découverte d’agents antimicrobiens innovants, particulièrement pertinents face à la résistance croissante aux antibiotiques. |
| Note de contenu : |
INTRODUCTION .............................................................................................................. 1
Partie bibliographique ........................................................................................................... Chapitre 1 : Revue de la littérature ..................................................................................... 3 1. Les myxobactéries : généralités .......................................................................................... 3 1.1Historique ................................................................................................................... 3 1.2Taxonomie et classification ........................................................................................ 4 1.3Habitats et répartition géographique .......................................................................... 5 1.4Caractéristiques morphologiques et physiologiques .................................................. 7 1.4.1Morphologie ........................................................................................................... 7 1.4.2Motilité ................................................................................................................... 8 1.4.3Géosmine ................................................................................................................ 9 1.4.4dégradation de la cellulose. .................................................................................... 9 1.4.5Génome ................................................................................................................ 10 1.4.6Mécanismes sociaux et interactions collectives ................................................... 10 1.4.7Stratégies de prédation ......................................................................................... 11 1.5 2. Cycle de vie et développement multicellulaire ........................................................ 13 Métabolisme secondaire des Myxobactéries .................................................................... 15 2.1 Antibiotiques myxobactériens inhibiteurs de l’ARN polymérase bactérienne ...... 162.1.1 Les corallopyronines ............................................................................................ 16 2.1.1.1Structure ....................................................................................................... 16 2.1.1.2Corallopyronine comme agent anti-Wolbachia............................................ 17 2.1.2La myxopyronine ................................................................................................. 18 2.1.3Activité antibiotique des corallopyronines ........................................................... 18 2.2 Inhibiteurs myxobactériens de la synthèse protéique bactérienne ........................... 19 2.2.1 Althiomycine ........................................................................................................ 19 2.2.1.1 2.3 Activité antibactérienne de l’althiomycine .................................................. 19 Antibiotiques myxobactériens influençant la formation de biofilms ....................... 20 2.3.1 Carolactone ........................................................................................................... 20 2.3.1.1 2.4 Mode d’action de la carolactone : ................................................................ 21 Substances antivirales .............................................................................................. 21 2.4.1 La ratjadone, inhibiteur de la voie nucléaire du VIH par blocage de la protéine REV 21 2.5Agents bioactifs de biodégradation des aflatoxines : ............................................... 22 2.6Agents antiparasitaires ............................................................................................. 23 Partie expérimentale .............................................................................................................. Chapitre I: Matériels et méthodes ..................................................................................... 27 1. Échantillonnage et isolement des myxobactéries.............................................................. 27 1.1 2. Collecte d'échantillons.............................................................................................. 27 Isolement des myxobacterie .............................................................................................. 28 2.1 Prétraitement des échantillons de sols ...................................................................... 28 2.1.1.1Le séchage .................................................................................................... 28 2.1.1.2Le tamisage .................................................................................................. 29 2.2Les milieux de cultures utilisés ................................................................................ 29 2.3technique d’isolement .............................................................................................. 30 2.3.1 Appâtage avec des granulés de crottes de lapin ................................................... 302.3.2Isolement des myxobactéries cellulolytiques par la technique du papier filtre .... 31 2.3.3technique des appâts bactériens pour l’isolement des myxobactéries .................. 32 2.3.3.1Utilisation d’E. coli vivante ......................................................................... 32 2.3.3.2Utilisation d’E. coli inactivée ....................................................................... 32 2.3.4 2.4 3. Isolement à partir de spores .................................................................................. 32 Vérification des myxobactéries ................................................................................ 33 La purification ................................................................................................................... 34 3.1Les milieux de cultures utilisés ................................................................................ 34 3.2Techniques de purification des myxobactéries ........................................................ 34 4. Analyse des caractéristiques des isolats ............................................................................ 35 4.1Caractères morphologiques ...................................................................................... 35 4.2Caractères structuraux .............................................................................................. 36 4.2.1Coloration de Gram .............................................................................................. 36 4.2.2Observation à l’état frais ...................................................................................... 36 4.3 Caractères biochimiques .......................................................................................... 36 4.3.1 Activité catalasique .............................................................................................. 36 Test de l’activité antagoniste de certains isolats ............................................................... 37 5. 5.1Germes tests utilisés ................................................................................................. 37 5.2Standardisation de l’inoculum et évaluation de l’activité antagoniste ..................... 37 Détermination de l’activité antagoniste des isolats de myxobactéries ................. 38 5.2.1 6.Tests de prédation microbienne ........................................................................................ 38 7.Processus de fermentation des myxobactéries .................................................................. 39 8.Préparation de l’extrait bactérien ...................................................................................... 40 9.Méthodes d’extraction des métabolites secondaires bactériens ........................................ 41 10.Test d’activité antimicrobienne des extraits .................................................................. 42 10.1 l’activité antibactérienne .......................................................................................... 42 10.1.1 Bactérie cible .................................................................................................... 4210.1.2 10.2 test d’activité sur les souches bactériennes cibles ............................................ 42 Activité antifongique ................................................................................................ 43 10.2.1Champignons et levures cibles ......................................................................... 43 10.2.2évaluation de l’activité ..................................................................................... 43 10.3 Lecture de l’activité .................................................................................................. 43 Mise en évidence de l’activité lipolytique des myxobactéries ...................................... 44 11. 11.1Sur milieu gélosé à base de Tween 80 ..................................................................... 44 11.2Sur milieu gélosé à base d’huile moteur .................................................................. 44 Détection des substances antimicrobiennes par bioautographie à partir d’extraits 12. bactériens .................................................................................................................................. 45 12.1principe de la bioautographie ................................................................................... 45 12.2Sélection du meilleur solvant à l’aide de la chromatographie sur couche mince (CCM) 46 12.3 13. Analyse et séparation des composés par CCM ........................................................ 47 Conservation des souches.............................................................................................. 48 Chapitre II : résultats et discussion ................................................................................... 49 1. Résultats d’isolement ........................................................................................................ 49 1.1Technique des crottes de lapin ................................................................................. 50 1.2Technique des proies bactériennes ........................................................................... 50 1.3Souches cellulolytiques par la technique du papier filtre ......................................... 51 1.4Technique de spore................................................................................................... 51 2.Resultats de purification des myxobactéries ..................................................................... 52 3.caractéristiques des isolats ................................................................................................ 54 4. 3.1Caractères morphologiques ...................................................................................... 54 3.2Coloration de Gram .................................................................................................. 55 3.3Observation à l’état frais .......................................................................................... 59 3.4test à la catalase ........................................................................................................ 59 Résultats de l’activité antagoniste des isolats ................................................................... 595.Observations issues du test de prédation .......................................................................... 60 6.Mesure de l'activité activité antibactérienne ..................................................................... 61 7.Tests antifongiques ........................................................................................................... 64 8.Évaluation de l’activité antimicrobienne à partir de préparations diverses (surnageants, extraits et échantillons congelés) .............................................................................................. 66 8.1Test du surnageant sur les souches fongiques .......................................................... 66 8.2Utilisation du culot des cellules éclatées .................................................................. 67 9.Détection des bactéries proies et des champignons cibles par les myxobactéries ............ 68 10.Résultats de l’activité lypolytique ................................................................................. 69 11.Choix du meilleur solvant par chromatographie sur couche mince (CCM) ................. 70 12.Fractionnement et analyse des composés par CCM ...................................................... 71 Conclusion ........................................................................................................................ 72 Annexes............................................................................................................................. 81 |
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