| Titre : | Research on Possible Structural & Functional Motifs in Amino Acids Degradation and Urea Cycles |
| Auteurs : | Bessaih Aicha, Auteur ; Raimes Mira, Auteur ; Rachedi, Abdelkrim, Directeur de thèse |
| Type de document : | texte imprimé |
| Editeur : | Dr. Moulay Tahar Université Saida, Faculté des Sciences Naturelles et de la Vie, 2015-2016 |
| Format : | 65 p. / 29 CM |
| Accompagnement : | CD |
| Langues: | Anglais |
| Langues originales: | Anglais |
| Catégories : | |
| Mots-clés: | Protéine ; Enzyme ; Ligand, PDB ; Acides Aminés ; Motifs Structurales & Fonctionnels ; Urée ; Fonction ; Base de données ; Bioinformatique Structurelle. |
| Résumé : |
Ce projet a été entrepris dans le but de réaliser une étude sur les fondamentaux derrière la
relation entre la structure et la fonction des protéines. La compréhension d'une telle relation est importante dans la découverte de la fonction biologique des protéines dans les deux situations normales et pathogènes. Une façon de réaliser l'étude de la fonction biologique des enzymes impliquées dans les voies métaboliques est d'examiner l'environnement de liaison des ligands de ces enzymes. Un ensemble d'enzymes impliquées dans la dégradation et Urée cycles Acides aminés a été sélectionnée pour l'étude présentée dans ce projet. Cette étude a nécessité l'utilisation des données de structure qui représentent les structures tridimensionnelles des enzymes dans un complexe avec leurs ligands (et / ou analogues). Les données structurelles liées aux enzymes impliquées dans les cycles métaboliques peuvent être extraites de la base de données international connu sous la Protein Data Bank ou PDB. Les structures tridimensionnelles de 16 protéines / enzymes extraites de la PDB ont été analysés dans cette étude en utilisant les techniques de la Bioinformatique Structurelle. L’étude a conduit à la découverte d'un ensemble de ce qu'on appelle ici comme Motifs Structurales & Fonctionnels qui sont considérés d'être importants dans la liaison des ligands par les enzymes et donc importants dans leur fonction. Ce travail a identifié, défini et caractérisés ces Motifs Structurales & Fonctionnels associés aux enzymes de cette étude et leurs ligands. Les calcules et les détails de liaison des ligands et leurs représentation graphique ont été stocké dans une base de données de type Flat-Files. Pour partager les données et les résultats avec la communauté scientifique aux niveaux local et international, une base de données en ligne a été crée et mis à disposition sur l’Internet à l'adresse web suivante: |
| Note de contenu : |
General Introduction
01 Chapter I: Literature Review I. Generality on proteins03 I.1.Protein I.1.1. Amino Acid I.1.2. Protein Structures I.1.2.1. Primary Structure I.1.2.2. Secondary Structure I.1.2.2.1.α-helix I.1.2.2.2.βsheet I.1.2.2.3. Loop I.1.2.3. Tertiary Structure I.1.2.4. Quaternary Structure I.1.3. Protein Motifs I.1.4. Enzymes I.1.4.1. Nature of Enzymes I.1.4.2. Classification of Enzymes I.1.4.3. Active Site I.1.5. Methods of Determining Protein Structure I.1.5.1. Method of X-ray Crystallography I.1.5.2. Method of Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy II.Metabolism II. 1.Catabolism of Amino Acid II.1.1.Transamination II.1.1.1.Aspartate Aminotransferase (ASAT) II.1.2. Oxidative Deamination II. 2 .The Urea Cycle II. 2.1.The reactions II. 2.2. Disorders of Urea Cycle Function03 III. The Protein Data Bank (PDB) III. 1. File format III. 2. Resolution III. 3. Refinement factor (R-factor) IV. Structural Classification of Proteins IV. 1 .The SCOP database IV. 2. CATH IV. 3. Classification Levels22 24Table of Contents Chapter II: Materials and Methods 1. Protein structures identification and Data Preparation 25 1.1 .Protein structures(PDB entries)25 1.1.1. List of PDB entries:26 1.1.2. List of ligands:29 2. Binding Details Calculations and Data Mining: 32 2.1. Binding Motifs Constructions and Representation:35 2.2. Graphical Representation of the binding motifs35 2.2.1. Motif-only presentation36 2.2.2. Motif + Ligand representation37 2.2.3. Motif + Ligand+ Binding Residues representation38 3. Data Storing and Flat-Files Database creation40 4. World Wide Web Database43 Chapter III: Results and Discussion 1. Presentation of results: 44 1.2. Database Methods of Querying and Results Display44 1.2.1. Querying by E nzymes45 1.2.2. Querying by PDB entries45 1.2. 3. Querying by ligand id46 2. Binding Motifs and Properties48 2.1. Amino Acids Degradation Reactions48 2.1.1. Aspartate Aminotransferase (ASAT) Reaction48 2.1.1.1. Binding Motifs & their Properties for the ASAT49 2.1.1.2. Graphical Representation of the Binding Motif for the ASAT49 2.1.2. Glutamate Dehydrogenase (GDH) Reaction 2.1.2.1. Binding Motifs and their Properties for the GDH 2.1.2.2. Graphical Representation of Binding Motif for the GDH 2.2. Urea Cycle Reactions53 2.2.1.Carbamoyl-phosphate synthetase I (CPS) Reaction53Table of Contents 2.2.1.1. Binding Motifs & their Properties for the CPS53 2.2.1.2. Graphical Representation of Binding Motif for the CPS54 2.2.2.Ornithine Transcarbamoylase (OTC) Reaction 55 2.2.2.1. Binding Motifs and their Properties for the OTC55 2.2.2. 2.Graphical Representation of the Binding Motif for the OTC56 2.2. 3.Argininosuccinate Synthethase (ASS) Reaction56 2.2.3.1. Binding Motifs and their Properties for the ASS57 2.2.3.2. Graphical Representation of the Binding Motif for the ASS57 2.2.4. Argininosuccinate lyase ( ASL) Reaction 2.2.4.1. Binding motifs and Properties for the ASL59 2.2.4.2. Graphical Representation of Binding Motif for the ASL59 2.2.5. Arginase (ARGS) Reaction 2.2.5.1. Binding motifs and Properties for the ARGS60 2.2.5.2. Graphical Representation of Binding Motif for the ARG61 3. Ligands and Binding Residue types63 4. Ligands Binding Tendency and Motifs Classification64 4.1.α/Loop family64 4.2.α/β/Loop family65 General Conclusion. References Indexes |
Exemplaires
| Code-barres | Cote | Support | Localisation | Section | Disponibilité |
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| aucun exemplaire |
Documents numériques (1)
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