| Titre : | Biofilms mixtes, contexte et fonctionnement |
| Auteurs : | SABRINE ZIGHEM, Auteur ; MALIKA OUICI, Auteur ; Ghellai, Lotfi, Directeur de thèse |
| Type de document : | texte imprimé |
| Editeur : | Dr. Moulay Tahar Université Saida, Faculté des Sciences Naturelles et de la Vie, 2020-2021 |
| Format : | 91 p. / 29cm |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Catégories : | |
| Mots-clés: | biofilms monomicrobiens ; biofims mixtes ; bactéries ; champignons ; levures, structure ; fonctionnement. |
| Résumé : |
Les biofilms sont des structures très complexes composées, le plus souvent, de cellules
microbiennes comprenant des bactéries, des champignons, des cyanobactéries et microalgues qui adhèrent à des surfaces biotiques ou abiotiques et sont enfermées dans des substrats qui peuvent être des exopolysaccharides (EPS) excrétés par ces cellules. La formation de biofilm est un processus très spécifique, dans lequel les cellules microbiennes passent du mode planctonique (libre) au mode sessile (biofilm). Ce processus, dépend de certains facteurs intrinsèques et extrinsèques tels que les propriétés de surface de la cellule microbienne et du matériau, la composition du milieu, etc. Généralement, sous cette forme sessile, les microorganismes deviennent plus résistants aux agents antimicrobiens, en particulier aux antibiotiques. Les biofilms peuvent être monomicrobien contenant un seul type d’espèce ou polymicrobien comprenant des espèces mixtes (bactéries-bactéries, (bactéries –levures) et (bactéries – moisissure), dans ces biofilms, l’interaction courante entre les micro-organismes est la compétition pour l'acquisition de nutriments et l'occupation de l'espace. L’étude des biofilms mixtes est un domaine très interessant attirant de plus en plus l’intêret des chercheurs dans plusieurs disciplines car les applications sont nombreuses et variées. |
| Note de contenu : |
Introduction ............................................................................................................................ 1
Chapitre I : Déscription biologique des biofilms microbiens 1. Historique ............................................................. ......................................................................... 03 2. Généralité sur les biofilms :.................................................................................. ......................... 03 3. Structure de biofilm :..................................................................................... ................................. 05 3.1 Une grande diversité de biofilm :.................................................... ................................. 06 3.2 Une organisation structurale de biofilm :......................................... ................................ 07 3.3 Une organisation stratifiée :................................... ............................................................07 4 .Facteurs favorisent la formation d’un biofilm ......... .....................................................................08 4.1 Caractéristique de la surface ............................. .....................................................................08 4.2 Caractères du milieu : ........................................ .....................................................................08 4.3 Propriétés des cellules ..................................... .....................................................................08 5. Composition de biofilm :................................................................. ......................................... 08 5.1 Polysaccharide :....................................................................... .............................................. 09 5.2 Les protéines ;............................................................................. ........................................... 10 5.3 ADN extracellulaire :............................................................................................................. 10 5.4 Les canaux : ............................................... ............................................................................11 5.5 Les lipides : ............................................... ............................................................................12 6. Mise en place d’un biofilm :............................................................... .......................................... 14 6.1 Adhésion réversible :............................................................... ............................................. 14 6.2 Adhésion irréversible :.......................................................................................................... 15 6.3 Accumulation des microcolonies :............................................. ........................................... 15 6.4 Maturation de biofilm :............................................................. ............................................ 16 6.5 -détachement et dispersion ... ................................................................................................ 16 7. Les mécanismes régulateurs de la formation de biofilm :............................... .............................. 17 7.1 Quorum sensing :........................................................................................ .............................. 17 7.1.1Définition et mécanisme ;...................................................... ............................ 17 7.1.2Les molécules de Qs ;............................................................ ............................ 19 7.1.3Le rôle de QS :........................................................................ .......................... 19 7 1.4Altération du Qs conséquence :............................................. ............................ 207.2 Régulation génétique par les cellules fixées ...:..................................................................... 20 7.3 Les autres mécanismes régulateurs de la formation du biofilms comme les polysaccharides, le GPM-c et par l’acétyle phosphate et l’alarmone ; .......................................................... ...............20 8 -Infections associees aux biofilms :........................................................................ ............................ 22 8.1 Infection chronique :.................................................................................................................... 22 8.1.1 L’endocardite infectieuse :......................................................................................... 23 8.1.2 La mucoviscidose :............................................................ ........................................ 23 8.1.3 Infection urinaire récidivantes :..................................... ............................................ 23 8.1.4 infections associées aux plaies chroniques :................... ........................................... 23 8.1.5 Pathologie buccodentaires et oto-rhino-laryngologie .............................................. . 24 9. résistances et tolérances aux antibiotiques :................................................. ................................. 24 9.1Résistances de biofilm aux antibiotiques :............................................................................. 24 9.2Tolérance aux antibiotiques :................................................................... .............................. 25 10. les antibiotiques comme signaux activateurs de biofilm :.............................. ............................... 25 11. Empêchement aux systèmes immunitaire :... ................................................................................ 27 12. les biofilms sont ubiquitaire:................................................................................ ......................... 28 12.1 Dans l’environnement :.......................................................................................................... 28 12.2 Dans le domaine industriel : ...................................... .............................................................29 12.3 Chez l’homme :...................................................................................................................... 29 12.4 Dans le domaine médical :..................................................................................................... 29 Chapitre 02 : Biofilms mixtes et mécanismes de fonctionnement 1.Introduction: .............................................. .....................................................................................32 2.historique et définition de biofilm mixte :.................................................... ................................ 33 2.1Historique :.............................................................................................. .............................. 33 2.2Définition : ........................................ .....................................................................................34 3.Une communauté bactérienne multi-espèce :.............................................. ................................. 34 4.caractérisation des biofilms microbiennes :................................................................................. 35 5.Exemple de matrice extracellulaire de biofilm multi-espèce : ........................................ ............35 6.biofilm mixte (bactérie – bactérie)................................................................ .............................. 37 6.1 Introduction : ..................................... .....................................................................................37 6.2 Exemple biofilm mixte (bactérie-bactérie) P.aeruginosa et K.pneumoniae. ........................38 7. Biofilm mixte (bactérie –levure) ;................................................................... ............................ 39 7.1 Introduction :.......................................................................................................................... 39 7.2 Isolement et identification :.............................................. ..................................................... 40 7.3 Résultats :............................................................................................................................... 43 7.4 8. Résultats ................................................................................................................................43 Biofilms mixtes (bactérie – champignon) ……………………………………………………..... .448.1 Introduction :........................................................................................................................ 44 8.2 Exemples de biofilms mixtes (bactérie – champignon) ; (Stenotrophomonas maltophilia- Aspergillus fumigatus) :................................................................................................................. 45 9. Biofilms mixtes (Bactérie –Algue).............................................................................................48 9.1 Mutalisme ………………………………………………………………………………....49 9.2 Commensalisme …………………………………………………………………………...50 9.3 Parasitisme ………………………………………………………………………………...50 9.4 Etude cas d’intéeaction entre Algue et Bactérie …………………………………………..50 10. biofilms mixtes (Bactérie –protozoiare)………………………………….………..……...….53 11. Biofilm virale ……………………………………………………………………………..…55 Chapitre 03 : les méthodes d’études de biofilm 1. Introduction : ....................................................... ...........................................................................61 .2 Diversité des biofilms et Diversité des méthodes d’étude :.......... ................................................. 61 3 les méthodes d’études de biofilm :................................................................................................. 62 3.1 Choix des micro-organismes …………………………………………………….…………..62 3.2 La polyculture : meilleur reflet de la réalité biologique :....................... .................................. 62 4 Les différentes méthodes d’obtentions des biofilms : .......................................................................63 5 les différentes méthodes d’observations des biofilms : .....................................................................63 5.1La microscopie électronique à balayage MEB :................................ ..................................... 63 5.2La microscopie confocale à balayage laser ....... ..................................................................... 64 5.3 Etude de laboratoire versus étude :........................................................ .................................. 65 5.4 Techniques de prélèvements : ..................................................................................................65 6 5.4.1Rinçage :.................................................................................. ............................. 65 5.4.2Chiffonnettes :......................................................................... .............................. 66 5.4.3Ecouvillonnage :........................................................................ ............................ 66 5.4.4Récupération :............................................................................ ............................ 66 Analyse microbiologique :.......................................................................... ................................... 66 7 Les méthodes caractérisations des biofilms :................................................ ................................... 67 7.1 Analyse des biofilms :.................................................................. ......................................... 67 7.1.1 Analyse in situ………………………………………………………………………….67 7.1.2 Spectroscopie infrarouge ATR_FTIR ........... .............................................................67 7.1.2.1 principe……………………………………………………………………..……..67 8 Marquage et observation des biofilms :...................................... ................................................... 70 8.1 Analyses ex situ. :...................................... ............................................................................ 72 8.1.1 Récupération des cellules bactériennes et dénombrement : :...................................... .. 72 8.1.2 Analyse ex situ de l’ADN extracellulaire : :................................................................. .72 8.1.3 Quantification de l’ADN extracellulaire : :...................................... ............................ .73 8.1.4 Visualisation de l’ADNe par électrophorèse en gel d’agarose : :...................................738.2 Amplification PCR ................................................................................................................ 74 Conclusion Générale ............................................................................................................. 77 Référence Bibliographie .......................................................................................................... 78 |
Exemplaires
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