| Titre : | Isolement et évaluation du potentiel antimicrobien des actinomycètes isolés à partir de différents types de sols de l’Ouest algérien |
| Auteurs : | AFFANI Slimane, Auteur ; Mokhtar Benreguieg, Directeur de thèse |
| Type de document : | texte imprimé |
| Editeur : | Dr. Moulay Tahar Université Saida, Faculté des Sciences Naturelles et de la Vie, 2024/2025 |
| Format : | 85 p / 29 cm |
| Accompagnement : | CD |
| Langues: | Français |
| Langues originales: | Français |
| Catégories : | |
| Mots-clés: | Actinomycètes ; Activité antimicrobienne ; Sols de l’Ouest algérien ; Métabolites secondaire ; Fermentation et extraction des métabolites |
| Résumé : |
Isolement et évaluation du potentiel antimicrobien des actinomycètes isolés à partir
de différents types de sols de l’Ouest algérien Ce travail s’inscrit dans le cadre de la recherche de nouvelles sources naturelles de biomolécules à activité antimicrobienne. Il vise à isoler et évaluer le potentiel antimicrobien des actinomycètes issus de différents types de sols de l’Ouest algérien. Un total de 38 isolats d’actinobactéries a été obtenu : 16 de Djbarat (Saïda), 4 de Bougtob (El Bayadh), 16 de la rhizosphère d’acacia de Tindouf et 2 du sol marin de Kristel (Oran). Le criblage primaire, réalisé par la méthode du cylindre d’agar, a révélé que sept isolats présentaient une activité antimicrobienne positive. Ces souches ont ensuite été fermentées, puis les métabolites secondaires ont été extraits à partir des milieux liquide et solide. Cependant, le criblage secondaire, effectué par diffusion sur puits et méthode de disque, a montré que les extraits atteignant des zones jusqu’à 40 mm. Les isolats A8 et A13 ont présenté les activités antimicrobiennes les plus marquées, traduisant leur capacité à produire des métabolites secondaires bioactifs. Les extraits issus de ces souches ont montré des zones d’inhibition élevées contre les bactéries à Gram positif, atteignant jusqu’à 41 mm contre Bacillus cereus ATCC 25921, 33 mm contre Staphylococcus aureus ATCC 6538 et 27 mm contre Bacillus subtilis ATCC 6633. Une activité antifongique notable a également été observée, avec des zones d’inhibition pouvant atteindre 31 mm contre Phytophthora infestans, 27 mm contre Candida albicans et 21 mm contre Rhizoctonia. Ces résultats mettent en évidence le potentiel antimicrobien élevé des actinomycètes isolés, en particulier des souches A8 et A13, et suggèrent qu’elles constituent des candidats prometteurs pour la découverte de nouveaux composés antimicrobiens d’origine naturelle. |
| Note de contenu : |
PARTIE I. INTRODUCTION ........................................................................................... 1
PARTIE II. SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE .............................................................. 4 CHAPITRE 1. GENERALITES SUR LES ACTINOBACTERIES ..................................... 5 II.1. GENERALITES SUR ACTINOBACTERIES .......................................................... 6 II.1.1. HISTORIQUE ................................................................................................................. 6 II.1.2. DEFINITION DES ACTINOBACTERIES ............................................................................. 6 II.1.3. CARACTERISTIQUES MORPHOLOGIQUES ....................................................................... 7 II.1.3.1. Structure cellulaire ................................................................................................... 7 II.1.3.2. Appartenance au règne des bactéries filamenteuses ................................................ 8 II.1.4. PHYSIOLOGIE DES ACTINOMYCÈTES ............................................................................. 8 II.1.4.1. Métabolisme primaire .............................................................................................. 8 II.1.4.2. Métabolisme secondaire........................................................................................... 9 II.1.5. ÉCOLOGIE DES ACTINOMYCÈTES ................................................................................ 10 II.1.5.1. Actinomycètes du sol ............................................................................................. 11 II.1.5.2. Actinomycètes marins ............................................................................................ 12 II.1.5.3. Actinomycètes dans habitats extrêmes .................................................................. 12 II.1.6. TAXONOMIE ET CRITERES D’IDENTIFICATION ............................................................. 13 II.1.6.1. Taxonomie phénétique ........................................................................................... 13 II.1.6.2. Taxonomie chimiotaxonomique ............................................................................ 14 II.1.6.2.1. Paroi cellulaire .................................................................................................... 15 II.1.6.2.2. Quinones isoprénoïdes ........................................................................................ 15 II.1.6.2.3. Phospholipides et acides gras ............................................................................. 15 IXTable des matières II.1.6.2.4. Acides mycoliques .............................................................................................. 15 II.1.6.3. Taxonomie génotypique (moléculaire) .................................................................. 15 II.1.6.3.1. Séquençage de l'ADN ribosomique 16S ............................................................. 15 II.1.6.3.2. Gènes alternatifs pour l’analyse phylogénétique des actinobactéries ................. 16 II.1.6.3.3. Hybridation ADN-ADN et valeur ANI............................................................... 16 II.1.6.3.4. Séquençage du génome entier (WGS) ................................................................ 16 II.1.6.3.5. Phylogénie des actinobactéries basée sur l’analyse du génome complet ........... 16 II.1.7. CYCLE DE VIE DES ACTINOMYCETES .......................................................................... 17 II.1.7.1. Germination des spores .......................................................................................... 17 II.1.7.2. Croissance végétative (mycélium substrat) ........................................................... 18 II.1.7.3. Différenciation morphologique .............................................................................. 18 II.1.7.4. Formation du mycélium aérien .............................................................................. 18 II.1.7.5. Sporulation ............................................................................................................. 18 II.1.7.6. Maturation des spores ............................................................................................ 19 II.1.8. MISE EN EVIDENCE DU GENRE STREPTOMYCES............................................................ 19 II.1.8.1. Rôle majeur dans production d’antibiotiques ........................................................ 20 II.1.8.2. Importance génétique et industrielle ...................................................................... 20 II.1.8.3. Particularités morphologiques et génétiques ......................................................... 21 CHAPITRE 2. INTERET BIOTECHNOLOGIQUE DES ACTINOMYCETES ............... 22 II.2. INTERET BIOTECHNOLOGIQUE DES ACTINOMYCETES.......................... 23 II.2.1. PRODUCTEURS DE METABOLITES SECONDAIRES A HAUTE VALEUR AJOUTEE .............. 23 II.2.1.1. Agents antibactériens ............................................................................................. 23 II.2.1.2. Agents antifongiques ............................................................................................. 24 II.2.1.3. Agents antiviraux ................................................................................................... 25 II.2.1.4. Agents antiparasitaires ........................................................................................... 25 II.2.1.5. Agents immunosuppresseurs ................................................................................. 26 II.2.1.6. Composés anticancéreux ........................................................................................ 26 II.2.2. AGENTS DE BIOCONTROLE ET BIOFERTILISATION ....................................................... 26 II.2.3. ACTINOMYCÈTES DANS L’INDUSTRIE ENZYMATIQUE ................................................. 27 II.2.4. APPLICATIONS EN BIOREMEDIATION .......................................................................... 28 II.2.5. AVANCEES EN GENOMIQUE ET INGENIERIE GENETIQUE .............................................. 28 PARTIE III. MATERIELS ET METHODES ................................................................ 29 XTable des matières III.1. PRELEVEMENT DES ECHANTILLONS DE SOL ............................................................. 31 III.1.1. SITES D’ECHANTILLONNAGE ..................................................................................... 31 III.1.2. CARACTERISTIQUES DU SOL ...................................................................................... 32 III.1.2.1. pH des échantillons............................................................................................... 32 III.1.2.2. Couleur des échantillons....................................................................................... 32 III.1.3. METHODOLOGIE DU PRELEVEMENT .......................................................................... 33 III.2. PRETRAITEMENT DES ECHANTILLONS DE SOL .......................................................... 34 III.2.1.1. Séchage et Tamisage ............................................................................................ 34 III.2.1.2. Traitements chimiques et physiques ..................................................................... 35 III.3. ISOLEMENT DES ACTINOBACTERIES ......................................................................... 36 III.3.1.1. Milieux de cultures utilisés ................................................................................... 36 III.3.1.2. Préparation de suspension-dilution et ensemencement ........................................ 36 III.3.1.3. Reconnaissance et sélection des actinobactéries .................................................. 36 III.3.1.4. Purification et conservation des actinobactéries ................................................... 37 III.4. CRIBLAGE DE L’ACTIVITE ANTIMICROBIENNE DES ACTINOBACTERIES .................. 37 III.4.1. MICROORGANISMES-CIBLES ..................................................................................... 37 III.4.2. STANDARDISATION DES INOCULA ............................................................................. 38 III.4.3. CRIBLAGE PRIMAIRE DE L’ACTIVITE ANTIMICROBIENNE ........................................... 39 III.4.4. OBSERVATION ET INTERPRETATION DES ZONES D’INHIBITION .................................. 39 III.5. FERMENTATION ET EXTRACTION DES METABOLITES............................................... 40 III.5.1. FERMENTATION DES ISOLATS POUR PRODUCTION DES METABOLITES ....................... 40 III.5.2. EXTRACTION DES METABOLITES ............................................................................... 41 III.5.2.1. Extraction à partir de milieu liquide ..................................................................... 41 III.5.2.2. Extraction à partir de milieu solide ...................................................................... 41 III.6. CRIBLAGE SECONDAIRE DE L’ACTIVITE ANTIMICROBIENNE ................................... 42 PARTIE IV. RESULTATS ET DISCUSSION ................................................................. 43 IV.1. PRELEVEMENT DES ECHANTILLONS DE SOL ............................................................. 44 IV.1.1. CARACTERISTIQUES DU SOL ..................................................................................... 44 IV.1.1.1. pH des échantillons .............................................................................................. 44 IV.1.1.2. Couleur des échantillons ...................................................................................... 45 IV.2. ISOLEMENT DES ACTINOMYCETES ............................................................................ 45 IV.3. CRIBLAGE PRIMAIRE DE L’ACTIVITE ANTIMICROBIENNE ........................................ 52 XITable des matières IV.4. FERMENTATION ET D'EXTRACTION DES SUBSTANCES ACTIVES ............................... 54 IV.5. CRIBLAGE SECONDAIRE DE L’ACTIVITE ANTIMICROBIENNE ................................... 54 PARTIE V. CONCLUSION ET PERSPECTIVES ......................................................... 61 PARTIE VI. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ................................................... 64 PARTIE VII. ANNEXES .................................................................................................. 79 VII.1. MILIEUX DE CULTURES ............................................................................................ 80 VII.1.1. COMPOSITION DE MILIEU DE CULTURE .................................................................... 80 VII.1.1.1. Milieux d’identification des actinobacteries ....................................................... 80 VII.1.1.2. Milieux utilisés pour l’activité antimicrobienne ................................................. 81 VII.1.1.3. Milieux De Production d’antibiotiques ............................................................... 81 VII.1.1.4. Milieu Pour Les Champignons ........................................................................... 82 VII.1.2. LES COLORANTS DE COLORATION DE GRAM : .......................................................... 82 VII.2. .MESURE DU PH ........................................................................................................ 83 VII.3. NOMBRE DES ISOLATS PAR APPORT LE TYPE D'ECHANTILLON DE SOL .................. 83 VII.4. RESULTATS DU CRIBLAGE PRIMAIRE DE L’ACTIVITE ANTIMICROBIENNE.............. 84 VII.5. RESULTATS DU CRIBLAGE SECONDAIRE DE L’ACTIVITE ANTIMICROBIENNE ......... 85 |
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